Matozinhos possui 289 grutas catalogadas. Este número é devido à localização do município e a enorme presença de calcário (principal rocha para a formação das grutas).
A cidade, ainda, está dentro da Área de Preservação Ambiental (APA) Carste de Lagoa Santa que foi criada para "garantir a conservação do conjunto paisagístico e da cultura regional, com o objetivo de proteger e preservar as cavernas e demais formações cársticas, sítios arqueo-paleontológicos, a cobertura vegetal e a fauna silvestre, cuja preservação é de fundamental importância para o ecossistema da região." A APA é uma das regiões brasileiras mais importantes em termos de paisagem cárstica carbonática e de história das ciências naturais do país.
Dentre as grutas mais conhecidas e de extremo valor histórico estão: Gruta do Ballet, Acervo Arqueológico de Cerca Grande e Lapa das Boleiras ou Escadas com pinturas rupestres e descoberta de fósseis com mais de 8 mil anos.